В коллекции музея хранятся фотографии деревянных домов, элементы декора (наличники, пилястры, карнизы), макеты деревянных строений, мебель, а также предметы быта конца XIX - начала XX веков.
Помимо выставочных залов музей имеет и собственный лекционный класс, где проводятся занятия с маленькими посетителями, читают лекции о деревянной архитектуре Томска и выдающихся архитекторах. Здесь также проходят музыкальные вечера.
фото: Олег Асратян
На проспекте Кирова в Томске стоит небольшой музей рассказывающий о главной достопримечательности города, благодаря которой «Сибирские Афины» известны далеко за пределами нашей страны – Музей деревянного зодчества.
Постоянная экспозиция, открытая в 2009 году занимает два этажа и рассказывает об уникальных памятниках деревянной архитектуры Томска, многие из которых не сохранились до наших дней.